本中心源起2002年获批的“湖南省环洞庭湖区域发展研究基地”，此后，湖南文理学院不断整合力量，先后获批“湖南省城市文化研究基地”、“湖南省农村居民社会化发展研究基地”、“湘西北文化与文艺发展研究中心”、“光电信息集成与光学制造技术省重点实验室”、“凿岩机械研发与产业化省产学研合作示范基地”等省级平台。2012年，湖南文理学院协同湖南华南光电（集团）有限责任公司、常德市发展和改革委员会等单位组建了“洞庭湖区生态经济发展”等8个校级协同创新中心。2014年，8个校级协同创新中心进行整合，联合了中科院地理科学与资源研究所、湖南大学等单位，组建了“洞庭湖生态经济区建设与发展”协同创新中心，通过了“中心”《章程》，制定了《科研组织管理制度》等一系列相关规章制度，设置了1个服务平台、3个委员会、4类创新岗位、4个创新平台，明确了协同创新方向和目标，革新了人员聘用、考核机制，建立了多级分层创新人才培养体系及区域合作机制。2015年，湖南省发展和改革委员会、常德市人民政府成功对接“中心”，从而将“中心”真正建成了政产学研用一体的协同创新体。
